当神社の創祀は、当社由緒書きによると「大同二年（８０７年）坂上田村麻呂が荊切の里をつくりしとき、天石門別神社が鎮座された」と伝え、明治十二年発刊の「茨木村誌」や 大正十一年に纏められた「大阪府全志」にも「大同二年二月坂上田村麻呂茨木町ヲ作ル是日本町ノ始ト十三朝集ニ有」と記されています。そしてこの「荊切の里」は、今日の宮元町付近 と伝えられています。

この処に人々が住み、天石門別神社を創祀した経緯や情況、坂上田村麻呂との関係等については、何ら資料がなく明らかではありません。しかし、大同二年から逆上ること三年前、 延暦二十三年（８０４年）に坂上田村麻呂公は、和泉・摂津両国に天皇巡幸時の仮宮殿・行宮設定のために派遣され両国の各所を巡視されています。また、延暦年間は、東北征討を 通して東北から摂津・和泉へ、関東各地から東北へ人が移動定住した時代でもありました。そして延暦二十四年（８０５年）は、長岡京・平安京の二度の造都事業と度重なる東北 征討軍事によって農民が疲弊しているとして民政安定へ朝廷の方針が変更決定された年でもあり、このような時代の背景が起因しているのではないかと考えられます。

平安時代の延長五年（９２７年）編纂された延喜式巻第九に摂津国島下郡十七座の一つとして、天石門別神社の名が記されています。それは、天石門別神社が編纂当時に官弊社として 尊崇されていた神社であったことを意味し、今日では特に式内社と呼ばれます。

爾来、中条村・茨木村の氏神として広く国主領主をはじめ多くの人々の崇敬をあつめました。

中世に入り楠木正成公が村近くに砦を築いて後、戦国時代には城郭が整えられ惣構形成の過程で、茨木村はそれまでの農村的集落から城下町へと変貌し、天石門別神社も現在地へ 奉遷されたのでした。

中川清秀公も当社への崇敬の念篤く、当社への狼藉を厳しく禁止する禁制の高礼を掲げるとともに、天正八年（１５８０年）には神領十三石を寄進しました。

この時代、摂津名所図会（寛政十年・１７９８年）及び社伝によると高槻城高山右近が、織田信長に倣い神社仏閣を焼却するに際し、信長が天照大御神、春日大神、八幡大神及び 牛頭天皇（素盞嗚大神）の諸社は焼くべからずとしたので牛頭天皇を祀ると詐称して焼却を免れたと伝えられています。

そして、元和八年（１６２２年）牛頭天皇、春日大神そして八幡大神を祀る社殿を新たに築いて本殿とし、天石門別神社を奥宮として今日に至っております。

明治五年、明治の社格制度により茨木神社が郷社に列せられますが、氏子による元宮天石門別神社への社格授与嘆願運動が起こり、明治十二年郷社に列することとなり、 一境内に郷社が二社ある全国にも珍しい神社でもあります。昭和二十一年、神社制度の改革により宗教法人として新たに発足し現在に及んでいます。